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首先，適用范圍不同。保付制度僅適用于支票;而承兌制度則僅適用于匯票。
其次，適用的前提不同。支票的保付以持票人與付款人之間存在資金關系或有關支票的特殊合同關系為前提，臺灣票據法規定，付款人超過出票人存款或信用契約所約定之數額而為保付者，應科以罰款。《聯合國國際支票公約草案》第三條規定：對備付資金不足所開出的支票，其本身仍為有效;匯票的承兌則不以存在資金關系為前提。
再次，是否受提示期間限制及提示時間不同。在這個問題上，各國法律有不同的規定。美國和臺灣對保付支票的提示時間不作限制，即使法律規定的付款提示期限已過，持票人仍得提示付款。但日本支票法對此規定則很嚴格，認為超過提示期限持票人就自負責任，但其提示期間為一年;匯票的承兌，一般都受提示期間的限制。我國《票據法》規定，見票即付匯票，自出票日起1個月內向付款人提示付款。定日付款、出票后定日付款或見票后定日付款的匯票，持票人自到期日10日內向承兌人提示付款;臺灣《票據法》則規定，經承兌的匯票于到期日或其后二日內，為付款提示，否則喪失對前手的追所權。
第四，票據行為效力不同，支票的保付是負擔行為，支票經保付后付款人成為絕對付款義務人，從而可以使出票人和其他票據債務人全部免責，但是日本支票法卻沒有此免責效力的規定;而匯票的承兌不能產生免責效力，承兌人到期拒絕付款時，持票人可對其所有前手行使追索權。
最后，票據喪失后的救濟手段不同。臺灣票據法認為，經保付的支票在一定意義上具有與貨幣相同的性質，一旦遺失，持票人不能掛失止付，只能依公示摧告程序申請法院作出除權判決;而經承兌的匯票遺失后，可以為止付之通知。
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